Treći je put Papa boravio u Hrvatskoj od 5. do 9. lipnja 2003. Na Krku je nakon slijetanja zrakoplova podsjetio da s posebnom radošću stupa »na drago hrvatsko tlo«, i to u okviru njegova stotog apostolskog putovanja. U pet dana prošao je Hrvatsku uzduž i poprijeko, pohodivši Đakovo i Osijek, Dubrovnik, Rijeku i Zadar.

I taj je put poticao da vjernici u Hrvatskoj moraju čuvati i razvijati narodno biće, ali da pri tome svakako moraju biti »dar društvu«, da moraju u društvo ugrađivati i ucjepljivati kršćanske vrijednosti.

U središtu njegovih govora bili su ponovno pomirenje, ekumenizam te zauzimanje i odgovornost laika u Crkvi i društvu.