Na mjestu današnjih ostataka crkve i samostana sv. Ivana evanđelista u 5. st. nalazila se trobrodna bazilika sa sedam pari stupova i osam lukova, polukružnom apsidom (vjerojatno s drvenim krovištem) i mozaicima, od kojih su očuvani oni koji imaju ornamente meandra i svastike. Nalazili su se u svetištu, apsidi i južnom brodu. Bazilika ima jedinstvenu građevinsku izvedbu s ophodištem (deambulatorijem) oko oltara koja je dodana u 11. st. Crkva je sljednik neke antičke građevine koja je bila izgrađena u predjelu njezina portala. Iz ranokršćanske faze pronađen je kameni relikvijar lisnih motiva sa simbolima Krista i ostatci romaničkoga portala. Relikvijar je bio sastavni dio oltara u svetištu koje su izgradili majstori Mundo i Radavita (natpis pronađen na nadvratku vrata sjevernoga zida).
Kapiteli stupova prvotne crkve iz 5. st. u kasnijoj obnovi kroz 11. st. ukrašeni su palminim i akantovim lišćem koje je izradila neka rapska klesarska radionica. U 12. st. uz južni zid i svetište podignut je romanički četvrtasti zvonik s biforalnim završetkom i nadsvođenom kapelom križnoga svoda i apsidom udubljenom u njegov istočni dio. Zvonik su g. 1471. obnovili majstori Ilija i Marko (očuvani natpis), a obnovljen je i nedavno. U 15. st. na crkvi je radio majstor Andrija Aleši, koji je dodao dvije kapele, sv. Jeronima i sv. Nikole, u stilu cvjetne gotike za obitelji Cernotta i Scaffa.
Benediktinci su se samostanom koristili do g. 1273., kada se spajaju sa samostanom sv. Andrije, a samostan sv. Ivana prepuštaju franjevcima. Istodobno porušeni su zidovi ranije crkve, a izgrađeni su novi s kontraforima na vanjskoj strani apside. Franjevci su bili u samostanu do ukinuća reda na Rabu g. 1783. Tih godina crkva i samostan prenamijenjeni su za sjedište Rapske biskupije, koja se njima koristila do ukinuća biskupije g. 1828. Od te godine zbog trošnosti vrijedan inventar crkve sv. Ivana evanđelista raspodjeljuje se po rapskim crkvama.
