Glavni oltar s kipom Blažene Djevice Marije i Isusom, koji je nekoliko puta uređivan zajedno s crkvom za vrijeme i nakon II. svjetskoga rata, smješten je u trostranom svetištu s vitražnim prozorima i ophodištem iza oltara. Svetište je povišeno i nalazi se na mramornom podu koji je, kao i u cijeloj crkvi, postavljen g. 1952./1953. Nova oltarna menza je od g. 1967., a oltarni stol prema puku i ambon od g. 1973. Oltar je ograđen da se olakša kretanje hodočasnika iza Gospina kipa. Godine 1972. osnovan je odbor za uređenje kompleksa svetišta u Mariji Bistrici, a od 3. rujna 1993. i Društvo za obnovu i razvitak nacionalnoga svetišta. Na bogato ukrašenom i pozlaćenom oltaru, između ukrasnih stupova s lisnim motivima i dvjema bočnim nišama, u kojima su kipovi sv. Petra i Pavla, u središnjem dijelu postavljena je osvijetljena niša ukrašena školjkom u kojoj se nalazi okrunjeni i u bijele haljine odjeven kip čudotvorne Djevice Marije s Djetetom. Na atici oltara je kip Boga Otca, a u podnožju bogato ukrašeno svetohranište. Na bočnim zidovima svetišta ucrtane su slike sv. Mihovila i anđela čuvara. Lijevo i desno od svetišta, ispod arkadnih stupova, ulazi se u prostor s oltarima na kojima su kipovi sv. Josipa desno i sv. Nikole Tavelića lijevo. Crkva i kapele imaju vitražne prozore iz g. 1880. i oko g. 1985., a lijevi bočni zidovi glavne lađe freske koje je u vrijeme II. svjetskoga rata radio Krsto Hegedušić. Freske su dovršili i obnovili Eugen Kokot i Egidio Budicin g. 2008./2009. Crkva je bogata spomenpločama, oltarnim i samostojećim kipovima, reljefnim pločama i spomenicima iz hrvatske prošlosti.
Mise su nedjeljom i blagdanom u 7.30, 9, 11 i 18 (zimi u 16) sati. Radnim danima u 10.30 i 18 sati. Tradicionalna prošteništa su na Duhove, sv. Margaretu, Anu i Bartolomeja, Preobraženje Gospodinovo, Veliku i Malu Gospu, Ime Marijino i Kraljicu sv. Krunice. Proštenja počinju na Bijelu nedjelju.
