Kada su Zrinski i Frankopan prigovorili da im se može suditi isključivo po hrvatskim zakonima, ministri su na vijećanju 29. kolovoza 1670. zaključili da spadaju pod austrijski sud jer su uvršteni među plemstvo Štajerske i Kranjske, a osim toga su kao vojnokrajiški časnici spadali pod nadležnost vojnoga suda. Osim toga su se u Štajerskoj dogovarali s Tattenbachom, što ih je također stavljalo pod nadležnost austrijskoga suda. Odlučeno je da se sudski proces vodi u Bečkom Novom Mjestu, kamo će ih preseliti, a bit će smješteni razdvojeno. Istraga je trajala gotovo godinu dana.
Nakon iscrpnoga procesa sud je 11. travnja 1671. prijedlog za odluke o veleizdaji prvo izrekao za Frana Krstu Frankopana, a 18. travnja izrekao je prijedlog odluke o veleizdaji i za Petra Zrinskoga.
Tajno je vijeće u stanu prvoga ministra Lobkowitza 21. travnja prihvatilo osude za Frankopana i Zrinskog te predložilo Leopoldu da ih potvrdi, što je on napravio 25. travnja. Konačne odluke o smrtnoj kazni Franu Krsti Frankopanu i Petru Zrinskom izrečene su 29. travnja 1671.
Na kraju odluke Zrinskomu piše: »Stoga delegirani sud koji je u toj stvari odredilo previšnje Njegovo carsko veličanstvo utvrđuje kao pravorijek i pravo, a Njegovo carsko veličanstvo odlučilo je prepustiti pravdi njezin tijek: naime, da Petar Zrinski treba potpasti pod kaznu Njegova carskoga i kraljevskoga veličanstva tijelom i životom, čašću i posjedom; da potom treba biti lišen svih časti, dobra biti (mu) konfiscirana, a sjećanje na njega iskorijenjeno iz svijeta. Konačno, njega osobno treba predati krvniku ili izvršitelju kazne koji ću mu, na mjestu gdje je to primjereno, konačno i na mjestu odsjeći njegovu desnu ruku zajedno s glavom, a njega lišiti života tako da umre. Njemu, Zrinskomu, to je za zasluženu kaznu, a ostalima njemu ravnima za zgražanje i gnjusan primjer. Beč, 23. travnja 1671. Sad slijedi pomilovanje: Njegovo carsko veličanstvo iz čiste carsko-kraljevske milosti ograničilo je gornju presudu u toj mjeri, da mu treba odsjeći samo glavu, a da mu se, međutim, treba oprostiti sječa desne ruke. Beč, 29. travnja 1671.«
Fran Krsto Frankopan i Petar Zrinski 29. travnja 1671. prvi put su se susreli nakon dugoga vremena zatočeništva, ali su smjeli razgovarati samo na njemačkom jeziku i u nazočnosti strogoga kapetana Ivana Ehra. Isti su dan napisali dirljiva pisma svojim suprugama.
Petar Zrinski je supruzi Katarini napisao znamenito pismo: »Moje drago serce. Nimaj se žalostiti sverhu ovoga moga pisma, niti burkati. Polag Božjega dokončanja sutra o desete ore budu mene glavu sekli, i tulikajše naukupe tvojemu bratcu. Danas smo jedan od drugoga serčeno proščenje uzeli. Zato jemljem ja sada po ovom listu i od tebe jedan vekovečni valete, Tebe proseči, ako sam te u čem zbantuval, aliti se u čemu zameril (koje ja dobro znam) i oprosti mi. Budi Bog hvaljen, ja sam k smerti dobro pripravan, niti se plašim. Ja se ufam u Boga vsemogučega, koji me je na ovom svitu ponizil, da se tulikajše mene hoče smilovati, i ja ga budem molil i prosil (komu sutra dojti ufam se), da se mi naukupe pred njegovim svetim thronušem u diki vekovečne sastanemo. Veče ništar ne znam ti pisati, niti za sina, niti za druga dokončanja našega siromaštva, ja sam vse na volju Božju ostavil. Ti se ništar ne žalosti, ar je to tak moralo biti. U Novem Mestu pred zadnjim dnevom mojega zaživljenja, 29 dan aprila meseca, o sedme ore podvečer, leta 1671. Naj te Gospodin Bog s moju kčerju Auroru Veroniku blagoslovi. Groff Zrini Petar«.
Fran Krsto Frankopan je supruzi Juliji Naro Frankopan napisao: »Najdraža i najljubljenija, Julija moja draga, kako voljom Neba i Božjim određenjem moram poći iz ovoga života u drugi, radi zadovoljštine za moje zle čine protiv Njegova Veličanstva, moga premilostivoga Cara, htio bih te s nekoliko ovih redaka od srca zagrliti i dati ti posljednje Zbogom. Molim te, Julija moja draga, za ljubav Kristovu, da mi po kršćanskom milosrđu oprostiš što si radi moje nesmotrenosti bila prinuđena podnositi pogrde i stradanja. Također, Julija moja draga, najponiznije te molim oproštenje za svaku pa i najmanju uvredu koju sam ti nanio tijekom našega braka. Ja sam sa svoje strane svim srcem i dušom oprostio i izbrisao svaku nelagodu koju si mi možda dala, premda su to bili tek iskazi tvoje čiste i prave ljubavi prema meni. Od sve moje preljubljene gospode rodbine i prijatelja molim posljednji oprost i preporučujem se nek mi s ljubavlju održe jedan Pokoj vječni za moju dušu jer se nadam pomoću i podrškom Božjom kroz malo sati primiti vječno uživanje Njegovoga Presvetoga Lica. Julija moja draga, želio bih ti iz dna duše ostaviti posljednji spomen moje najdublje odanosti, ali sam gol i bez igdje ičega, pa sam najsmjernije, iz sveg srca, molio Carsko Veličanstvo ne bi li po svojoj prirođenoj dobroti i blagosti, prema tebi iskazao jedan čin darežljivosti u moje ime i kao dokaz moje zahvalnosti koju sam dužan tvojoj vjernosti te ne dvojim da ćeš biti obdarena darom slavne širokogrudnosti. Od gospodina Orfea također molim ljubazno oproštenje i molim ga da mi otpusti sve nedaće koje sam mu namro, i preklinjem ga za ljubav koju mi je svagda iskazivao, ako je ikako i u ikojoj stvari uvrijedio ili pak dao povoda negodovanju Carskog Veličanstva, neka najponiznijim prošnjama zamoli preblagi oprost, i nek padne pred noge Preuzvišenom Caru, neće mu biti zatvorena vrata milosti, s podjeljenjem nekoga Carskog dobročinstva, za što sam Njegovu Veličanstvu predao najusrdnije molbe. I neka mi oprosti jer nemam nikakvoga uzdarja kojim bih mu iskazao zahvalnost, nemajući za njega ništa dolično u mome sadašnjem stanju. Ništa više, Julija moja draga, Zbogom. Svijete, Zbogom! Bio sam ti odan suprug na ovom svijetu, u drugom bit ću ti najvjerniji zagovaratelj pred Božjim Veličanstvom. Ostajem za uvijek, Julija moja draga, tvoj najodaniji i najvjerniji muž. U Neustadtu, 29. travnja 1671. Fran Frankopan.«
Idućega dana, 30. travnja 1671., obojica su dostojanstveno podnijela smaknuće koje je izvedeno na vrlo okrutan način zbog nespretnosti krvnika. Franjo Nádasdy nakon osude je pogubljen istoga dana u Beču, a Erazmo Tattenbach je smaknut 1. prosinca 1671. u Grazu. Mletački je poslanik u Beču napisao u Veneciju u vezi s pogubljenjem Frankopana i Zrinskoga: »Ovo je nesretni kraj dvaju toliko uglednih ljudi, osobito Zrinski bijaše veoma slavljen i cijenjen, jer šesnaest potkraljeva ili banova slavnih dade Hrvatskoj njegova obitelj.«
Nastavlja se