Crkva i franjevački samostan izgrađeni su u vrijeme kada je Pula, zajedno s Koprom, bila najveći istarski grad s antičkom jezgrom i Arenom, od 13. do 15. st. Iz te se jezgre proširila tek u 19. stoljeću. Zbog ratova i epidemija kuge do 18. st. grad je bio ruševan te je spao na tisuću stanovnika. U vrijeme francuske okupacije Pula je izgubila status grada, a središte je premješteno u Vodnjan. Novi se procvat grada dogodio u 19. st., kada je postao glavna ratna luka Austro-Ugarske.
Zapadno krilo samostana dograđeno je u 18. st. zajedno s klaustrom i trijemom s arkadama te stupovima na katu. Umjesto nekadašnjega zvonika postavljena je iznad sakristije na strani samostana dvostruka preslica s jednim zvonom. Danas je u atriju dvorišta lapidarij s naglaskom na spomenike ranoga kršćanstva. Na zidu je slika bl. Miroslava Bulešića, koji je u samostanu obavljao duhovne vježbe u listopadu 1942. U jednostavnoj kamenoj lađi crkve s otvorenim drvenim stropom ističe se troapsidalno svetište s križnim stropovima. U glavnoj je apsidi postavljen zlatni poliptih iz 15. st. sa središnjim likom Bogorodice s Malim Isusom u krilu te svetcima u bočnim nišama. U gornjem je dijelu poliptiha lik Krista, a u nišama sa strane su svetci mučenici. Iza oltara se nalaze svećeničke stolice, a ispred je kameni stol, veliko raspelo i ambon. U sporednim su apsidama oltari s kipovima sv. Franje i Bogorodice. Iznad ulaza s rozetom je pjevalište i orgulje iz 1938., koje su obnovljene 1982. Crkva ima na južnom zidu unutarnju i vanjsku propovjedaonicu.
Samostan je oslabio u vrijeme Uskočkoga rata (1615. – 1618.), restrikcijama mletačkih vlasti u 18. st. te ukinućem reda za francuske okupacije 1805., kada je bio opljačkan i pretvoren u vojarnu. Obnovljen je 1927. ulaskom talijanskih franjevaca. Od 1947. samostanom i crkvom upravljaju hrvatski franjevci sv. Jeronima iz Zagreba.
Mise su nedjeljom u 11.30 i radnim danima u 19 sati. Nedjeljom u 9 sati slavi se misa za makedonske pravoslavne vjernike.
