Crkva sv. Bernardina Sienskoga jednobrodna je pravokutna građevina s dvije bočne kapele, četvrtastim svetištem s križnim nadsvođenjem i gotičkim trijumfalnim lukom, na koji će doći slika Navještenja. Godine 1466. crkvu je posvetilo pet dalmatinskih biskupa. Do 16. st. na crkvi i samostanu nastala su oštećenja. Biskupski vizitator Agostino Valieri (1531. – 1606.), koji je na Rab došao g. 1579. radi provođenja odluka Tridentskoga sabora, dao je crkvu i samostan popraviti.
U 17. st. zamijenjeni su gotički šiljasti prozori baroknim u obliku polumjeseca. U lađi crkve nalazi se obnovljeni drveni strop sa slikama iz g. 1669. Kapelu obitelji Chimalarcha od lađe crkve dijeli balustrada koja je napravljena od oltarne pregrade iz 9. st. s predromaničkim pleternim ukrasima. Na pročelju crkve trokutastoga zabata postavljena je kasnogotička rozeta iznad renesansnoga portala. Kapela sv. Križa, koja se nalazi uz južnu stranu svetišta, adaptirana je g. 1929. Te godine fra Vladislav Brusić preuredio je crkvu radi povećanja prostora.
Iznad ulaza nalazi se pjevalište na čijoj su drvenoj ogradi nacrtane slike iz života sv. Franje, a one su u originalnoj izvedbi i nisu obnavljane. Na bočnim zidovima postavljene su novije slike fra Ambroza Testena. Kod arheoloških ispitivanja crkve, a prije radova obnove, pronađena je ispod oltara grobnica donatora crkve Petra Zara (Cara). Njegova je supruga Marija potaknuta g. 1450. proglašenjem svetim Bernardina Sienskoga u Rimu u svetčevu čast podigla crkvu. Ugovor o gradnji sklopljen je s majstorom Jurjem iz Zadra već iduće godine. Prema odredbama II. vatikanskoga sabora crkvu je preuredio fra Vinko Fugošić pazinskim kamenom uz pomoć rapskoga klesara Mihovila Damjana. Novi oltar posvećen je 6. prosinca 1979.
Tijekom godine slavlja u crkvi i samostanu su za sv. Eufemiju (16. rujna) i na Uskrsni ponedjeljak (Magdalenino). Mise su nedjeljom u 8 i 20 sati.