U ranokršćanskoj Puli benediktinci su prisutni od 6. st. u četiri samostana, od kojih je onaj na brdu svetoga Martina najveći (danas je to predio bolnice). Uništen je u 19. st. U 13. st. razvila se nova Pula na kaptolskom brdu na kojem su Sergijevci izgradili kaštel, a franjevci samostan i crkvu sv. Franje. Franjevačko je zdanje podignuto u elitnom dijelu grada, koje se nalazi na pola puta od Foruma do kaštela. Današnja je adresa samostana i crkve Uspon sv. Franje Asiškoga 9 i pripada katedralnoj župi.
Prema predajama franjevci su prisutni u Puli od 1235., a samostan je osnovao sv. Antun Padovanski 1227. (kako je navedeno na spomenploči samostana iz g. 1991.). Franjevački je red utemeljio sv. Franjo usmenim pristankom pape Inocenta III. godine 1210. Crkva sa samostanom izgrađena je na mjestu nekadašnjega antičkoga lokaliteta, na kojem se kasnije nalazila crkva sv. Ivana Krstitelja (porušena je nakon požara u 17. st.). Na kapitulu u Narboni 1260. donesena su pravila o izgradnji franjevačkih samostana i crkava, prema kojima su 1270. izgrađeni pulski objekti. U to su vrijeme Istrom vladali akvilejski patrijarsi (1213. – 1331.), koji su i potaknuli dolazak franjevaca u Pulu. Gradnja monumentalne crkve pripisuje se pulskomu majstoru fra Jakovu, koji se u izgradnji koristio naslijeđem antičkoga i romaničkoga, a upotrijebio je nova iskustva gotičkoga graditeljstva s pravilnim komadima tesanoga kamena.
U početku je to bila jednobrodna crkva s četvrtastim svetištem, jednozidnim zvonikom, klaustrom, kapitularnom dvoranom, reflektorijem, sakristijom i prostorijama za stanovanje. Prve su pregradnje napravljene u 14. i 15. st., kada je nadograđen samostan i izmijenjen izgled pročelja s ulaznim vratima. Petnaesto je stoljeće obilježeno održavanjem kapitula u Puli 1406. od kada je samostan sjedište istarske kustodije. U istom je stoljeću postavljen pozlaćeni poliptih fra Jakova Puljanina, jedno od najvrjednijih djela gotičkoga drvodjelstva. Danas se nalazi u središnjoj apsidi kao glavni oltar troapsidalnoga svetišta.
