Južna je Istra i pulsko okruženje sa Šišanom i okolnim mjestima nakon intenzivne i bogate prapovijesti te za vrijeme Rima nastavila isti trend s ranim kršćanstvom sve do srednjega vijeka. U antici je nastao veliki rimski kompleks na rtu Sv. Stjepan s crkvom sv. Martina, a iz bizantskoga vremena sačuvano je mnogo kamenih crkvenih spomenika, pluteja, ograda i pletera. U srednjem je vijeku Šišan (Sissian) bio jedno od najbogatijih naselja Puljštine, koji se spominje 990. u darovnici obitelji Sergija iz Pule opatiji sv. Mihovila u Puli. U 15./16. st. epidemije raznih bolesti opustošile su taj bogat kraj, tako da su mletačke vlasti, kao i u druga područja, sustavno naseljavale prebjege iz Dalmacije (1589.) pod turskim napadima ili iz mletačke Grčke (1623.).
O intenzitetu vjerničkoga života govori podatak da je na području Šišana bilo 19 crkava koje su nestale. Od nekih su sačuvani predmeti, koji se danas nalaze u župnoj crkvi sv. Feliksa i Fortunata iz 1528., koja je obnovljena 1650. s novim svetištem te 1759. s pjevalištem i orguljama. Nova su zvona u odijeljenom bifornom 30 metara visokom romaničkom zvoniku, koji je obnovljen 1659. i 1982. Crkva je uređena i 1922. i 1987. Tako se na pokrajnjem oltaru župne crkve nalazi kip Bogorodice iz 1480. Donesen je iz srušene crkve Blažene Djevice Marije s brda Svetice, koja je bila izgrađena 1252. Na drugom je oltaru kip i sarkofag s relikvijama sv. Lorencina iz 1661. iz istoimene crkve, koja se nalazila na cesti za Ližnjan. U Šišanu se nalazi i crkva Presvetoga Trojstva iz 1450. (obnovljena je 1989.), iz koje je u župnu crkvu preneseno gotičko raspelo iz 15. st. i oltarna slika Bogorodice sa sv. Augustinom i sv. Monikom.
Župna je crkva izgrađena na temeljima starije crkve koja je bila podignuta na bizantskoj crkvi, a ta na rimskom stambenom kompleksu. U crkvi je pet kameno-mramornih oltara. Na glavnom baroknom oltaru niša je s kipom Blažene Djevice Marije i pokrajnjim kipovima sv. Feliksa i Fortunata.
