Medulinska prapovijest završava porazom Histra u naselju Mutila, ali se nastavlja rimskom prisutnošću na antičkom kompleksu poluotočića Vižule te u uvali Burle. Ondje je od 1866. do 20. st. pronađeno 312 grobova sa sadržajima koji pripadaju razdoblju od 1. do 6. st.
Glagoljaška župa u Medulina, gdje se misilo na staroslavenskom, postoji od srednjega vijeka. Njezin je kaptol djelovao do 1564. Prethodna župna crkvica Majke Božje od Zdravlja iz 1697. nalazi se u središtu grada. U njoj je akademik Branko Fučić pronašao grafite iz 15. st., koji su pisani glagoljicom, bosančicom i latinicom. Na mjestu današnje župne crkve sv. Agneze nalazilo se groblje i crkva iz 14. st. Novu crkvu iz 1894. građenu prema nacrtima Andjela Meyera posvetio je biskup Ivan Flapp. Obnovljena je 1968. Crkva je s dva zvonika od 33 metra u predjelu svetišta. U početku je imala samo jedan zvonik, ali je domoljub i istarski borac za hrvatski narod svećenik Luka Kirac gradnjom drugoga zvonika 1908. ostvario sličnost sa zagrebačkom prvostolnicom. Simbolički je na taj način povezan medulinski narod s glavnim gradom Hrvatske. Zvonici u kojima su četiri zvona obnovljeni su 1981. Crkva sv. Agneze trobrodna je, sa svetištem u poluokrugloj apsidi, trostrukim ulazom i visokim završetkom pročelja s prozorima. Na srednjoj su lađi postavljeni vršni prozori lučnoga završetka, a isti se nalaze i duž bočnih lađa, koje su odijeljene stupovima i lukovima. U svetištu je kameni oltar, a 1983. izrađen je mozaik Josipa Botterija. U crkvi su kipovi sv. Agneze (blagdan je 21. siječnja), Blažene Djevice Marije od Krunice, sv. Jakova, Antuna i Petra, sv. Male Terezije te škropionica iz stare župne crkve, križni put autora Marija Schergata i mramorna krstionica Ante Orlića.
Mise su nedjeljom u 11 i 19, a radnim danima u 19 sati. U Ližnjanu u župnoj crkvi sv. Martina biskupa nedjeljne su mise su u 9.30.
