Bazilika sv. Marije Formoze u Puli iz VI. stoljeća, kraj koje se nalazila i benediktinska opatija sv. Marije »de Canneto«, sačuvana je tek u dijelovima zida, ulomcima oltarne pregrade, tragovima fresaka i mozaika, a od opatije nije ostalo ništa. Takvo je stanje nastalo zbog pljačke koju su sustavno provodili Mlečani. Zbog manjka redovnika još je 1331. opatija sv. Marije predana crkvi sv. Marka iz Mletaka, što je omogućilo sustavno odnošenje dijelova bazilike. Oni su pod izlikom očuvanja 1549. u Mletke odnijeli mramorne stupove, sve dragocjenosti, alabaster i ostalo lijepo kamenje te ga ugradili u svoju velebnu crkvu sv. Marka i Gospu od Zdravlja. Mnogi se dijelovi pulske bazilike nalaze u palačama i domovima bogatih Venecijanaca. Mletačke su vlasti i prije odnosile sve vrijedno iz Pule, i to još kod svojih ratnih pohoda 1242. i 1263. Papa Grgur IX. u 14. je stoljeću tražio način kako da se obnovi opljačkana bazilika.
Samostan sv. Marije spominje se u raznim dokumentima. Zabilježen je u Maksimilijanovim darovnicama i darovnici pape Stjepana III. (767. – 772.) Opatija i crkva sv. Marije nalazi se u zapisima iz 1001. godine, a 1192. navodi se »Manasterio St. Maria de Canneto«, što potvrđuje da su njime još upravljali benediktinci. Zbog raznih je razloga papa Siksto IV. 1474. za poglavara samostana postavio franjevca, koji je morao priznavati mletačku vlast sve do propasti Venecije 1797., a samostan voditi prema benediktinskim regulama. Francuska je okupacijska uprava (1806. – 1813.) sva imanja opatije rasprodala.
U VI. st., u kojem je izgrađena bazilika s opatijom sv. Marije, Pula je imala nekoliko bizantskih manastira (samostana ili opatija), od kojih je najpoznatiji onaj sv. Mihovila s trobrodnom bazilikom sv. Mihovila i crkvom sv. Klementa iz IX. st. na brdu današnje utvrde. Vjerojatno je ondje za svojega boravka u Puli boravio i Dante Alighieri te ugarski svrgnuti kralj bl. Salomon Arpadović, koji je u opatiji umro 1078.
