Višegodišnjom fizičkom represijom neistomišljenika i represivnim zakonodavstvom početkom šezdesetih vlast komunista u Jugoslaviji nastojala se utvrditi kao neprobojna monolitna stijena. Za Katoličku Crkvu, jasno, ostavljene su minimalne mogućnosti za djelovanje, a o onodobnom napetom ozračju dobro svjedoči i službeni Vjesnik Zagrebačke nadbiskupije koji neposredno uoči i nakon obljetnice Stepinčeve smrti krajem 1960. i 1961. godine ne donosi nikakve informacije ili okružnice nadbiskupa Franje Šepera vezano za molitve ili zadušnice za pokojnoga kardinala Stepinca. Bilo je razborito izbjegavati bilo kakve pisane tragove, kako režim ne bi dobio povoda za nove progone Crkve.
No dokumenti Komisije za odnose s vjerskim zajednicama upravo o prvoj obljetnici Stepinčeve smrti svjedoče da je zid vulgarne komunističke mržnje prema Katoličkoj Crkvi počeo pokazivati ozbiljne napukline kroz koje su polagano prodirali i prvi tračci čežnje za slobodom od komunističkoga jarma, realizirane tri desetljeća kasnije. Naime, iz dokumenata koji se čuvaju u Hrvatskom državnom arhivu u Zagrebu razvidno je da se komunistički režim bojao i mrtvoga Stepinca, odnosno Stepinčeve baštine u hrvatskom narodu koju nije bilo moguće tek tako izbrisati.
Prilikom posjeta nadbiskupa Šepera Komisiji 17. veljače sačuvan je zapis i o razgovoru između nadbiskupova tajnika Mije Pišonića i službenika Komisije Vlade Kuka. On je spočitnuo da je 10. veljače 1961. za vrijeme zadušnice za Stepinca u katedrali bilo nekoliko vijenaca i svijeća na kojima su bili hrvatski, a ne jugoslavenski simboli te da se tako od Stepinca radi političara koji se borio za hrvatska prava. Kuk je hrvatsko znakovlje nazvao paradom političkoga karaktera. Pišonić je, stoji u dokumentu, krivnju svalio na prebendara Milutina Juranića, zaduženoga za uređenje katedrale, te predložio da upravo on zbog svega bude pozvan u Komisiju na razgovor, a posebno je istaknuo i da Šeper, nastojeći da Stepinčeve zadušnice proteknu bez napetosti, nije dopustio propovijedanje, nego samo tihe mise.
Nedugo nakon toga, 24. veljače 1961., uslijedio je razgovor s Juranićem. Kuk mu je sada spočitnuo da su se u »toku godine« pojavila »čudna paradiranja« oko Stepinčeva groba. Vezano za sporne trobojnice bez komunističke petokrake Kuk je upozorio Juranića na Stepinčevu »političku krivnju« i zaprijetio da bi ga kao Stepinčeva istomišljenika mogli na odgovornost pozvati drugi organi koji se ne će zaustaviti samo na razgovoru. Zadušnicu za Stepinca spočitnuo je i tajnik Komisije Zlatko Frid u razgovoru s pomoćnim zagrebačkim biskupom Josipom Lachom 27. veljače 1961. Zapis razgovora svjedoči da je Frid rekao da s obzirom na hrvatske simbole tu nije riječ o zadušnici za crkvenoga poglavara, nego o zadušnici za političara. No ako se iz zapisa doznaje i da su sporne svijeće i vijenci s hrvatskim trobojnicama maknuti, naklonost hrvatskoga vjerskoga puka prema pokojnomu kardinalu Stepincu nije bilo moguće obuzdati.
Frid i Lach o pitanjima hrvatskih simbola u zagrebačkoj prvostolnici ponovno su razgovarali 26. listopada 1961. S obzirom na to kako je razgovor bio intoniran, Frid je bio iziritiran ponovnom pojavom svijeća i vijenaca na Stepinčevu grobu koje su imale trobojnicu s nizom crven, bijeli, plavi i, jasno, bez crvene zvijezde u sredini. Tom je prilikom biskupu Lachu prigovoreno i da se vezivanjem hrvatskih nacionalnih simbola od Stepinca radi političara, a time ga se, navedeno je, posljedično veliča i kao ratnoga zločinca. Također, razvidno je da bilo kakva uspomena ili pisani zapis o tom »ratnom zločincu« prema politici komunista nije doslovce mogao prijeći prag zagrebačke katedrale. Frid je, nakon opetovanih prigovara iz Komisije, biskupa Lacha ponovno upozorio na oglasnu ploču na ulazu u katedralu koja je na više jezika posjetitelje navodila gdje se nalazi Stepinčev grob. Crkva od toga očito nije htjela odstupiti, a razlog se i ne može pripisati tvrdoglavosti ili, još radikalnije, nepoštovanju vlasti, nego jednostavnoj činjenici da su posjetitelji koji su prvi put dolazili u katedralu, tražeći Stepinčev grob, često ulazili u sakristiju.
Pišonić je, stoji u zapisniku, uzvratio da takvi zahtjevi doista i postoje, ali ih nadbiskup drži »na dnu sanduka«, no znakovito je što je istaknuo da među tim molbama stoji i ona splitskoga biskupa Frane Franića, kojega je i inače režim kitio raznim etiketama klerofašista, ekstremista, predvodnika desne struje unutar hrvatskoga episkopata itd. Kao i u prethodnim zapisima, Pišonićeve zapisane tvrdnje valja uzimati s mjerom rezerve.
Naime, u biografiji »Stepinac – njegov život i vrijeme« (str. 315.-316.) dr. Robin Harris podastire izvadak iz dokumenta Udbe koji tvrdi da je Pišonić početkom šezdesetih »suradnik«. To daje naslutiti i način na koji su bili intonirani njegovi prilično otvoreni razgovori u Vjerskoj komisiji. Šeper ga je 1962. odlučio poslati u Rim, no nedugo nakon toga Pišonić je poginuo u prometnoj nesreći nedaleko od Zagreba, za koju dr. Harris također pretpostavlja da ju je organizirala Udba jer bi upravo u Vatikanu mogao odati neke informacije neugodne za režim.
